Sau cái chết của Thượng hoàng, vào ngày Mậu Dần, Phùng Thái hậu được tôn làm Thái hoàng thái hậu và trở lại lâm triều xưng chế, nắm quyền nhiếp chính cho Hiếu Văn Đế mới được 9 tuổi, bắt đầu lần nhiếp chính thứ hai của mình. Lần này bà nắm giữ quyền nhiếp chính 14 năm đến tận khi qua đời. Sang năm sau, Thái hoàng thái hậu hạ lệnh đổi niên hiệu mới, là năm Thái Hòa nguyên niên[16]. Chiếu viết:

Sau khi Phùng Thái hoàng quay trở lại nhiếp chính, bà đã trở nên độc đoán hơn trước, song lại anh minh trong giải quyết vấn đề và có cách sống thanh đạm. Bà là người có học thức cao, cũng giỏi về toán học. Phùng Thái hoàng cũng đẩy nhanh chính sách Hán hóa, trong đó bao gồm cả vấn đề phân tầng xã hội. Trong một chiếu chỉ vào năm 478, Phùng Thái hoàng có quy định người dân hãy kết hôn theo tầng lớp xã hội, tức môn đăng hộ đối[17].

Năm Thái Hòa thứ 3 (479), ở phương nam, sau khi Tiêu Đạo Thành lật đổ Lưu Tống và lập ra triều Nam Tề, Bắc Ngụy ủy thác cho Đan Dương vương Lưu Xưởng (劉昶) đi đánh Nam Tề (Lưu Xưởng là một thân vương của Lưu Tống song chạy trốn đến Bắc Ngụy vào năm 465, Bắc Ngụy hứa hẹn sẽ ủng hộ Lưu Xưởng tái lập Lưu Tống). Tuy nhiên, Lưu Xưởng không hoàn thành nhiệm vụ, không thu được nhiều vùng đất ở vùng biên giới để có thể làm bàn đạp tái lập Lưu Tống. Năm thứ 5 (481), chiến dịch kết thúc. Sử sách đánh giá rất cao về Phùng Thái hậu, cho rằng bà là người thông minh, có học thức có tính quyết đoán và tôn sùng đạo Phật. Trong năm 481, hòa thượng Pháp Tú (法秀) mưu nổi dậy tại Bình Thành[18], song bị phát giác rồi bị bắt giết. Một số quan lại chủ trương xử tử tất cả các sư tăng Phật giáo, song Phùng thái hoàng thái hậu từ chối. Sau đó, một bộ luật mới mà Thái hoàng thái hậu ủy thác cho Cao Lư (高閭) viết đã hoàn thành, bộ luật có 832 mục, 16 mục quy định về hình phạt tru di gia tộc, 235 mục quy định về hình phạt xử tử cá nhân, và 377 mục quy định về các hình thức trừng phạt khác.

Cũng trong năm 481, Thái hoàng Thái hậu cùng Hiếu Văn Đế đến kinh lý vùng Phương Sơn, thấy vùng đất này là nơi tốt để sau này chôn cất mình, nên bà bảo quần thần sau khi bà mất không cần hợp táng bà với Văn Thành Đế[19] mà nên chôn mình ở Phương Sơn. Hiếu Văn Đế nghe lời, bèn sai Hữu ti chuẩn bị xây Thọ Lăng cho bà ở vùng Phương Sơn. Công trình bắt đầu xây dựng vào năm thứ 6 (482) và hoàn thành năm thứ 9 (485) niên hiệu Thái Hòa. Trên núi còn cho lập bia đá xưng tụng công lao của Thái hoàng thái hậu. Ngoài ra, Phùng Thái hoàng còn có lần hạ lệnh tu sửa miếu của Văn Tuyên vương ở Trường An và lập điện thờ Phật tại Long Thành. Cũng trong năm 485, sau khi Hiếu Văn Đế phong vương cho các hoàng đệ, Thái hoàng thái hậu lập học đường để giảng dạy cho các Thân vương này.

Dâm loạn trong hậu cung

Phùng Thái hoàng thái hậu (lúc này 36 tuổi) vẫn tiếp tục những hành vi dâm loạn trong hậu cung. Sau khi trở lại nhiếp chính, bà lại tiếp tục tư thông với nhiều người khác và thăng chức quan rất cao cho họ. Quan Thái bốc lệnh Vương Duệ (王叡, 434 - 481) và Bí thư lệnh Lý Lý Xung (李沖, 450 - 498) là 2 người được sủng ái nhất. Duệ được phong làm Thị trung, Thượng thư bộ lại, tước Thái Nguyên công, ban khoán sắt miễn tội chết; còn Xung cũng được làm chức quan to. Hai người này cũng được Phùng thái hậu ban thưởng rất nhiều vàng bạc. Tuy hai người này có tài năng, nhưng chức quan vẫn quá cao so với tài năng và những đóng góp của họ cho quốc gia, nên nhiều người phản đối. Bà không hài lòng và cho giết chết hết những người phản đối. Để lấy lại danh tiếng, Phùng Thái hoàng cũng trọng dụng một số đại thần không phải là người tình của mình. Ví dụ như sau khi lâm triều xưng chế không lâu, Thái hoàng thái hậu liền mệnh Nhữ Âm vương Thác Bạt Thiên Tứ (拓跋天賜) làm Chinh Tây đại tướng quân, nghi đồng Tam ty. Đông Dương vương Thác Bạt Phi (拓跋丕) làm Chính vương, Thái úy An Lạc vương Thác Bạt Trường Lạc (拓跋長樂) thụ Thứ sử Định Châu.

Thậm chí còn có nghi vấn rằng bà đã sinh ra một đứa con gái ngoài giá thú với nhân tình là Vương Duệ. Khi Vương Duệ gả con gái, đích thân Phùng thái hoàng thái hậu chủ trì hôn lễ, nghi thức và hộ tống tân nương giống như đối với công chúa, thời đó nhiều người còn tưởng là "Thái hậu gả con gái". Do nghi thức ban tặng quá long trọng, người dân thời đó bàn tán, nghi ngờ rằng con gái của Vương Duệ rất có thể là con gái ngoài giá thú của Phùng Thái hậu với Vương Duệ.

Ngoài Vương Duệ và Lý Xung, có những nghi vấn là Phùng Thái hậu còn có thêm nhiều nhân tính khác như Vương Cư, Trương Hỗ, Kỉ Nghi, Vương Ngộ, Phù Thừa Tổ, Vương Chất. Trương Hỗ được phong tới chức Thượng thư tả bộc xạ, tước Tân Bình Vương, Vương Cư được phong làm Chinh Nam tướng quân, Cao Bình Vương; Kỷ Nghi làm Thị trung, Thượng thư bộ lại, thứ sử và được ban tiền bạc và khoán sắt để được miễn chết.

Do lo ngại rằng mình sẽ bị chỉ trích vì hành vi dâm loạn vô đạo (có nhiều người tình dù đã là thái hậu), Phùng Thái hoàng trừng phạt nghiêm những người mà bà nhận thấy đang chỉ trích hoặc có hành vi nhạo báng tư cách đạo đức của bà, bao gồm cả việc xử tử. Một trong các nạn nhân là Lý Hân (李訢) - là một trong những người đã khiến người tình Lý Dịch của bà bị xử tử dạo trước. Lo ngại rằng gia tộc của mẹ Hiếu Văn Đế sẽ cố đoạt lấy quyền lực, Phùng Thái hoàng vu cáo ngoại tổ phụ của Hiếu Vũ Đế là Nam Quận vương Lý Huệ (李惠) phạm tội phản nghịch vào năm 478 và thảm sát ông cùng với gia tộc. Tổng cộng trong hai vụ án đó, có hơn cả 100 người đã bị giết[20].

Phùng Thái hậu dâm loạn tới mức vì mê nam sắc mà bỏ qua danh dự đất nước và triều đình, đã tư thông với Lưu Diên, sứ thần của triều Nam Tề. Lưu Diên cao ráo đẹp trai, lại có tính cách lôi cuốn, Thái hậu Phùng vừa gặp đã yêu thích nên đã cho bày tiệc chiêu đãi trong cung và sau đó tư thông, coi Lưu Diên như một sủng nam yêu thích.